Kobiety aktywnie współżyjące nie stosujące mechanicznych środków takich jak prezerwatywy, kapturki naszyjkowe, szczególnie te mające wielu partnerów są przede narażone na choroby przenoszone drogą płciową, czyli na infekcje chlamydiami, dwoinką rzeżączki, krętkiem bladym (kiła) i wirusami.
Na podstawie wielu badań nie stwierdzono ujemnego wpływu antykoncepcji mechanicznej na pH treści pochwy i bakteryjną florę ochronną. Natomiast stosowanie wkładek domacicznych (IUD) zwiększa ryzyko podwyższonego pH pochwy nawet o 40%. Stosowanie doustnych tabletek antykoncepcyjnych może wiązać się z częstszymi infekcjami chlamydiami. Środki plemnikobójcze takie jak Nonoxynol-9 nie zabezpieczają przed zakażeniami głównie przed dwoinką rzeżączki, czy też zakażeniami wspomnianymi chlamydiami.
Stosowanie antykoncepcji hormonalnej działa ochronnie przed infekcjami górnego odcinka narządu rodnego z uwagi na efekt zagęszczania śluzu, który uniemożliwia penetrację plemników, ale także bakterii. Jest to działanie ochronne zabezpieczające przed zapaleniem błony śluzowej macicy, jajników i jajowodów.
Z wielu danych wynika, że antykoncepcja hormonalna może zwiększać ryzyko infekcji dwoinką rzeżączki i ryzyko zapaleń grzybiczych. Opisano natomiast, związek antykoncepcji hormonalnej ze zmniejszoną liczbą zapaleń pochwy wywołanych przez rzęsistka pochwowego.
Zakażenia wirusowe nie mają związku z antykoncepcją hormonalną, lecz z samym współżyciem. Szczególnie istotne są zakażenia wirusem brodawczaka ludzkiego (HPV) i ludzkiego wirusa utraty odporności (HIV). Na infekcje HPV są narażone wszystkie współżyjące kobiety. Zakażenie tym wirusem ma udział w powstawaniu raka płaskonabłonkowego szyjki macicy. Namnażanie się wirusa ma miejsce podczas procesów reparacyjnych nabłonka szyjki macicy takich jak na przykład gojenie się. Dane medyczne na temat predyspozycji antykoncepcji hormonalnej do zakażenia HIV są niewystarczające do wysnucia wniosków.